헌법재판소가 28일 대체복무제가 없는 현행 병역법이 헌법에 어긋난다고 판단함에 따라 대체복무제 정책입안에 속도가 붙을 것으로 보인다. 다만 대체복무제 적용 대상과 인원, 심사주체, 심사규모, 근무방식, 복무기간 등의 과제가 남아 향후 쟁점이 될 것으로 전망된다. 특히 이중 종교적 신념이나 양심적 확신을 이유로 병역을 거부하는 사람들을 어떻게 구분할 것인가의 문제가 가장 핵심 쟁점이 될 것으로 보인다. 그동안 국회에 계류 중인 병역법 일부개정안들을 살펴보면 대체로 정부 소속의 대체복무위원회나 대체복무사전심사위원회 등 일정한 심사기구를 통해 이를 판단하도록 했다.

또 심사위원회와 관련해서 위원회의 소속이 어디인지, 어떤 인원이 심사를 하는지 등에 대한 추가적인 논의가 필요하다. 또 서면, 면담, 청문, 자료제출, 심사규모 등 심사방법에 관한 기준 설정도 관건이 된다. 이와 함께 현재 의무 복무 중인 사람들의 양심 선언도 쟁점이 될 수 있다. 처벌 등을 피하기 위해 일시적으로 집총을 했던 인원에 대한 대체복무제 재편입 방안도 검토 대상 중 하나가 될 전망이다. 대체복무 편입 문제가 다뤄지지 않을 경우 의무 복무를 하는 인원에 대한 역차별 문제가 발생할 수 있다. 다만 현재까지 심사기준 등에 대해 국방부 차원에서 구체적인 검토는 없었던 것으로 보인다. 국방부 관계자는 "심사주체에 대해 구체적으로 검토가 되지 않았다"며 "계류 중인 법안 자체도 국회 국방위원회에서 본격적으로 논의가 된 적 없다"고 설명했다.

헌재가 내년 12월31일로 기한을 밝힌 만큼, 국방부는 최대한 다각도로 검토해서 입법과정을 진행하겠다는 방침이다. 또 대체복무제의 복무기간도 쟁점이 될 수 있다. 현역ㆍ보충역과 같은 기간을 복무하게 할지, 1.5~2배 가중치를 둘 것인지 등도 관건이 될 수 있다. 근무형태를 합숙으로 할지 출퇴근으로 할지 등도 논의 대상이다.  뉴시스